En Franche-Comté, les instances du FIQCS, le CRQCS et le bureau, sont installées depuis le 17 décembre 2007. Le président du Conseil est M. Magnin-Feysot (Représentant des usagers) et celui du Bureau, M. Herry (Président de l’Urcam).  

Cette séance a permis notamment de voter les orientations de financement relatives aux champs d’intervention du FIQCS :
- expérimentations concourant à l’amélioration de la qualité et de la coordination des soins dispensés en ville ;
- développement de nouveaux modes d’exercice et de réseaux de santé ; actions ou structures concourant à l’amélioration de la permanence des soins et notamment les maisons médicales de garde ;
- actions ou structures visant au maintien de l’activité et à l’installation de professionnels de santé pour permettre un égal accès aux soins sur le territoire ;
- actions favorisant un exercice pluridisciplinaire et regroupé des professionnels de santé.  

Puis le CRQCS a élu, en son sein, les membres du Bureau. Ce dernier a donné son avis sur les propositions d’attribution de financement par la Mission régionale de santé : onze projets ont reçu un avis positif.