Le Conseil a créé en son sein, des Commissions ou groupe de travail en vue de faciliter et préparer les travaux et délibérations qu'il est amené à effectuer Elles sont au nombre de trois :
- Commission Gestion du risque
- Commission Offre de soins ville-hôpital
- Commission Prévention

Elle veille à la mise en oeuvre du Plan régional commun (PRC) de l'Assurance maladie. Elle assure le suivi des projets du PRC, échange autour de ces derniers et informe le conseil de leur avancée.
Le président est Monsieur BELPOIS.

Représentants :
Monsieur ANCEL, FO
Monsieur BELPOIS, CFE-CGC
Monsieur BIGNON, UPA
Monsieur CUSEY, FNMF
Madame GUIGNARD-CHAPITEAU, CGPME
Monsieur MAGET, RSI
Monsieur PERRIN, CFDT
Monsieur PICHET, MSA
Madame RAYNAUD, MEF
Madame THEVENOT, MSA

Elle assure le suivi des programmes sur l'offre de soins ville-hôpital et plus particulièrement dans le cadre de la Mission régionale de santé.
Le Président est Monsieur BIGNON.

Représentants :
Monsieur BIGNON, UPA
Monsieur BILLOD, MSA
Madame CORBET-LEFRANC, CGPME
Monsieur DOISE, CFTC
Monsieur KAMM, FO
Monsieur KLENTZI, RSI
Monsieur MASSON, FNMF
Monsieur PARGAUD, CGT
Monsieur PICHET, MSA
Madame RAYNAUD, MEF

Elle assure le suivi des programmes de prévention initiés et/ou soutenus par l'Assurance maladie.
Le Président est Monsieur DUMORA et la Vice-Présidente est Madame MARION.

Représentants :
Madame BOITEUX, MSA
Madame CORBET-LEFRANC, CGPME
Monsieur DOISE, CFTC
Monsieur DOMON, CFDT
Monsieur DUMORA, CGT
Madame GUICHARD-CHAPITEAU, CGPME
Monsieur KLENTZI, RSI
Madame MARION, MSA
Monsieur PICHOT, FNMF
Monsieur POCHOPIEN, MEF